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A Região Metropolitana do Rio de Janeiro mantém 36,27% de seu território verde conservado. Desse total, 10,96%, ou seja, praticamente um terço estão na região da Baixada Fluminense.

Segundo o Mapa da Região Metropolitana do Rio de Janeiro, produzido pelo governo do estado, por meio da Câmara Metropolitana, grande parte dessas áreas são espaços protegidos, como parques, reservas e estações ecológicas.

Nova Iguaçu é um dos que mais representa o universo verde da Baixada Fluminense. Segundo a Secretaria Municipal de Meio Ambiente, Agricultura, Desenvolvimento Econômico e Turismo, 66% da área total do município reúne unidades de conservação, como áreas de proteção ambiental, reservas e parques. Entre elas está o Parque Natural Municipal de Nova Iguaçu, com suas cachoeiras e poços de fácil acesso a partir da trilha principal do parque. Além disso, há o que alguns acreditam ser a cratera de um antigo vulcão, extinto há milhões de anos. A visitação no parque é gratuita e acontece de terça a domingo.

Criado para auxiliar na proteção da Reserva de Mata Atlântica, o parque está localizado no Maciço do Mendanha formado pelas serras do Mendanha, Gericinó e Madureira, de relevo bastante acidentado, com muitas escarpas e elevações. Em levantamento preliminar do plano de manejo em 1998, foram identificadas 198 espécies vegetais, 31 espécies de invertebrados, duas de anfíbios, nove de répteis, 12 de mamíferos, 154 de aves e 17 espécies de peixe no Rio Dona Eugênia. Uma riqueza que precisa ser preservada.

O Dona Eugênia nasce na Serra do Mendanha e atravessa a cidade de Mesquita, indo desaguar na margem esquerda do Rio Sarapuí. Alguns trechos são parcial ou totalmente canalizados com mau estado de preservação. Em geral, próximo ao parque, o rio mantém a vegetação ribeirinha nativa, mas ao se aproximar da área urbana, com o adensamento da população, tanto o desmatamento quanto o lançamento de esgoto no rio se tornam problemas frequentes.

Nele também encontramos a represa Epaminondas Ramos, usada pela Cedae para abastecimento de grande parte da região entre 1948 e 1981. Sua desativação aconteceu devido ao despejo irregular de esgotos domésticos procedentes de sítios clandestinos.

Duque de Caxias é outro destino da região que ganha cada vez mais destaque. O município apresenta 44% de áreas verdes e conta ainda com unidades de conservação, como o Parque Natural Municipal da Caixa D’agua, criado em 1991 com o mesmo objetivo de preservação da Mata Atlântica, e o Parque Natural Municipal da Taquara, localizado ao pé da serra de Petrópolis.

Outros municípios da Baixada que se destacam por seus percentuais de áreas verdes são Guapimirim, também com 44%; Itaguaí, com 39,86; e Niterói, com 36,20%. A cidade do Rio de Janeiro possui 28,13 de sua área verde preservada.